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大数据显示,仅仅6周,新冠病毒研究已经发生翻天覆地变化

Jack Hanson临床科研 2022-03-15

“点击↑↑↑,关注医学进展”


关键词:新型冠状病毒;大数据分析;Hanson解读



新型冠状病毒(SARS-CoV-2)导致了肆虐全球的2019冠状病毒病(COVID-19),全球已经确诊超过826万例,病死超过44万人

(来源:www.arcgis.com;截图:Hanson)

我们曾在5月6日发过新冠病毒研究论文解读新冠病毒,通过大数据分析总结了的在此方面的研究概况。

仅仅6周时间,COVID-19已经彻底改变了这个世界;而最近6天,北京重新出现病例,新增137例。
有必要重新审视目前的研究情况,以对疫情防控提供参考。


检索词:
COVID-19 or SARS-COV-2 OR 2019-nCoV or "novel coronavirus"。
截止到6月17日,全球已有23,592篇SCI论文发表,较6周前的9,736增长了142%其中纳入到本次分析的是最新发表的10,000篇论文。

结果报告分为三大部分:
第一部分是big analysis(大数据分析),也就是对发表论文的宏观分析,包括发表年度、国家/地区、杂志、作者、关联领域、最常发表的杂志等等。
第二部分是citation network(引用分析),是已经发表论文的被引用情况。我们都知道,论文的价值体现在被阅读和借鉴,并通过被引用次数体现出来。被引用越多的论文被认为是越有价值的论文,也就是经典论文。
第三部分是美国国立卫生研究院立项初检结果。NIH除了有最庞大的科研院所之外,还负责管理生物医学领域的科研立项。

下面依次展开。


第一部分:
COVID-19研究论文
大数据分析。

如下是所有文献的
时间和国家分布图
(6月17日,论文的时间和国家分布)
vs.
(5月6日,论文的时间和国家分布)

时间分布显示,针对新冠病毒(病)的研究更受关注,增长值已经达到最高的100。
国家分布可以看到,中国近期发表的研究论文绝对数量较美国差距增大,但数量上仍居第二位。无法知道是否受“发表的新冠病毒论文需审核”的政策影响。


接着可以看到
COVID-19领域
学术机构排名

(6月17日发表论文的机构排名)
vs.
(5月6日,发表论文的机构排名)

截止到6月17日,论文发表总数排名第一的仍然是华中科技大学(中国),第二则成为多伦多大学(加拿大),第三是牛津大学(英国),第四位是哈佛大学医学院(美国)。
排名的改变既提示了科研能力,更显示了疫情的转移。

继续查看研究相关的
热点基因和相关疾病

(6月17日,研究热点基因和课题)
vs.
(5月6日,研究热点基因和课题)

可以看到,ACE2, TMPRSS2, NHS, BAD等是该研究领域最受关注的基因;而癌症、精神卫生、糖尿病、预防、肝脏、中风则是新发表论文最关注的领域,显示研究仍集中在病毒感染的预防和并发症的治疗上。

继续查发表COVID-19
最多的杂志

(6月17日,发表论文的杂志分布)
vs.
(5月6日,发表论文的杂志分布)

可以看到,与5月6日论文主要发表在顶级杂志BMJ、LancetNEJM等相比,新发表论文的最大变化是,medRxiv和bioRxiv两个预印版网站成为论文率先出现的主力,而J Med Virol继续在低分杂志中发表了最多的论文,同时Dermatol TherMed Hypotheses、Psychol Trauma等杂志成为发表论文的主力杂志。总体上,由于COVID-19研究的创新红利正在消退,接受论文的杂志需要降级。参考这个排名,对于投稿有非常强的参考价值。

再接着是知名学者学术圈,
及其关系网。

(6月17日,学术大咖及其关系网)
vs.
(5月6日,学术大咖及其关系网)

上面关系网中的学者,
是怎么筛出来的呢?
原来是基于学者在该领域的
论文影响因子总分

(6月17日,学术大咖排名)
vs.
(5月6日,学术大咖排名)

上面仅显示影响力(论文总影响因子)最大的几位教授。需要注意的是,列表中没有列出详细机构的作者中,绝大部分是杂志社编辑。而之前曹彬教授列论著作者中第一名,目前已经被其他作者替代。
而新排名中位居前列的作者也需要注意筛检。因为目前论著作者排前两名的Mehra, Mandeep R和Patel, Amit N发表的论文都已经被撤稿。他们发表的就是那篇引发地震的羟氯喹治疗COVID-19的论文【纠错】
真正排名第一的是Gostin, Lawrence O,其发表的论文都是从公共卫生角度做的研究。

其次是Vaduganathan, Muthiah,其研究领域主要是COVID-19对心血管的影响及用药。第三是Cohen, Myrons,其研究领域是治疗,包括单克隆抗体和羟氯喹。

根据这个大数据分析,短时间即可对COVID-19的研究热点和领域专家有了系统的了解,收获很大。
要想通晓一个领域,经典论文是必读的。


第二部分:
找到COVID-19经典论文。

通过“citation network”功能,
可以看到所有10,000篇文献的分布。
每个点都是一篇文献,
左边的是最早发表的;
点的大小代表着这篇论文的影响力,即被引用次数。

(6月17日,被引用排名)
vs.
(5月6日,被引用排名)

可以看到,5月6日最大的圈(被引用最多的论文)是Huang发表的关于COVID-19临床特点的论文。而到6月17日,影响力排名第一的论文已经是王辰院士/曹彬教授发表的瑞德西韦治疗重症COVID-19的论文。
显示了对COVID-19的关注重点已经由早期的临床表现转移到后期的治疗。
需要注意的是,王辰院士/曹彬教授发表的这篇论文,能够因为引用次数而排到第一,可能与对这项研究结果有争议、且NEJM连发三篇文章总结其经验教训有关三国五位学者重新审视

(6月17日,引用最多的论文)


只打开Top 0.1%的论文,
这肯定是领域内最经典论文
↓这是Top 0.1%里面最新的一篇;

(6月17日,被引用次数Top 0.1%的论文)
vs.
(5月6日,被引用次数Top 0.1%的论文)

我们再看领域内前1%的论文。
有了这些,
新人就容易知道,
开题报告或基金申请书的立项依据部分,
或论文的前言和讨论部分,
该读和该引哪篇文章了

(6月17日,被引用次数Top 1%的论文)
vs.
(5月6日,被引用次数Top 1%的论文)

而顺着论文关系网,
你也更容易捋清这些研究的承接图,
对于自己设计课题非常重要。

如果点击代表论文的小点,
可以打开该文献的页面,
查看标题(大部分有摘要)。
以及Pubmed及其他页面链接。

(6月17日,引用最多的论文)


还可以通过列表读到
这些经典论文的具体细节。
(6月17日,最有影响力论文排名)
vs.
(5月6日,最有影响力论文排名)

正如我们上次推文中提到“尽管我们很高兴中国学者取得的成就,但也不能沾沾自喜,而是需要知道:论文影响力还取决于时间。中国学者发表的论文更早,所以被引用的几率也就更高。”
从新的论文影响力可以看出,除了王辰院士/曹彬教授的论文,其他居于前列的重要论文中已经不再有华裔的名字。


第三部分:
研究动态实时更新

了解了COVID-19大牛、研究机构,也知晓了领域内的经典论文、及这些论文发表的杂志,顿时感觉“腹有诗书气自华”,腰板挺直了很多。
但是,这些只是存量知识。而未来需要创造。知识的实时更新,及时获得最新研究进展非常重要。



可以直接查到
NIH资助的基金。

(6月17日,NIH在研课题检索)


(5月6日,NIH在研课题检索)

大家也可以与我们之前的推送做对比:

美国20年来对冠状病毒研究的资助热点概述

美国新冠病死超10万人,已紧急启动41项研究,大数据分析揭示其秘密


总结:

通过大数据分析,获取了COVID-19领域的研究热点领域和基因、研究机构和知名专家,这些研究发表的杂志,以及该领域的经典论文和美国NIH资助课题情况

不仅有助于快速系统了解该领域,对于课题选题及课题设计、选取合适的投稿杂志都提供了非常有价值的参考。


简单总结一下新型冠状病毒(病)的文献及研究者总结:
  1. 继续爆发式增长,目前已有将近2.3万篇论文发表;
  2. 研究论文发表由最初的顶级杂志的比例非常高,变为普通杂志的比例更高
  3. 中国学者仍是研究主力,发表的SCI论文数量仅次于美国; 医学科学家的成果也随着疫情而转移
  4. 目前最有影响力的论文,已经由原来全部华人完成、到只剩下一篇有争议的研究论文;这是正常的变化,但也反映出中国仍缺乏能够一锤定音的研究
  5. 但总体上,中国学术界不仅没有重现2003年SARS研究的尴尬,而是表现卓越。


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既往推文

美国20年来对冠状病毒研究的资助热点概述

美国新冠病死超10万人,已紧急启动41项研究,大数据分析揭示其秘密

5分钟了解新冠病毒研究经典论文、发表杂志、最知名学者,及各方面排名

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